tokyo'nun shinjuku semtinde japonya global sağlık ve tıp merkezi'nde çalışan yakın bir arkadaşımla bugün öğlen kahve içmek için buluştuk. kendisi hiv ve hbv (hepatitis b virüs) enfeksiyonlarına karşı ilaç geliştiren bir grubun başında. yani işin mutfağında olan birisi olduğunu söyleyebilirim. "gizli (confidential) şeylerden çok bahsetmek istemiyorum ama"lı çok cümle kurdu bugün; içeride virüse karşı ciddi bir aktivite döndüğünü söyleyebilirim. aklımda kaldığı kadarıyla bazı şeyleri buraya not düşeyim.

virüsün bir özelliği onu hem daha çok hem de daha az tehlikeli bir hale getiriyor

o da virüsün insan bedeninde enfekte ettiği doku ve hücre grupları. virüs her ne kadar üst solunum sistemi, hatta barsaklarda da bulunsa, temel olarak alt solunum sistemi (lower lungs) enfeksiyonu ile tanımlanıyor. yani bir influenza gibi üst solunum yolları, burun, vs. hedef değil. bu yüzden yine influenza'ya göre çok daha az bulaşıcı. ancak yine, bu bölgede meydana gelen enfeksiyonlar tabii ki daha tehlikeli ve ölümcül oluyor. virüsün bir mutasyonla üst solunum yollarını da etkili bir şekilde enfekte eder hale gelmesinden korkuluyor. yine de şu an için insandan insana bulaşması daha az etkili. bu arada barsak dedim, bazı makalelerde dışkı örneklerinde virüs bulunduğu tarif ediliyor. dolayısıyla umumi tuvaletlerde vesaire dikkatli olmak gerekiyor bence.

yukarıda bahsettiğim nedenden ötürü virüs analizi için örnek almak biraz zahmetli bir durum 

swap örneği mesela bir influenza örneğinde olduğu gibi basitçe burnun içinden alınamıyor. google'a "anatomy of the oral cavity and pharynx" yazarsanız, örneklerin neredeyse omuriliğin üst kısmına denk gelen kısım kadar boğazın içinden alındığını görebilirsiniz.

gelelim asıl konuya: virüsün genomu tamamen çıkarılmış durumda

papain-like protease, helicase, rna-dependant rna polymerase vesaire protein kodlayan rna bölümleri tanımlanmış vaziyette. yani bu rna kısımlarının kodladığı proteinler ilaç araştırmalarında hedef olarak kullanılmakta. öte yandan proteinlerin 3 boyutlu kristal yapıları henüz tanımlanmış değil. mesela pymol gibi programlarla virüs proteinlerinin tam yapılarının anlaşılması çok önemlidir. mesela önceki sars virüsünün rna-dependant rna polymerase proteini yapısı tam olarak tanımlanmıştır, buna göre ilaç moleküllerinin bağlandıkları cepler ortaya çıkarılır, vesaire... yakın zamanda yeni koronavirüsün (sars-cov-2) protein yapıları da çıkarılır tahmin ediyorum.

3 ana kısım var virüste: orf1a, orf1b ve spike denen üstteki taç kısmı

yapısal, işlevsel, ve aksesuar (accessory)... arkadaşım burada virüsün tepesindeki spike yapısı yüzünden nasıl verimli ve nihai bir asi üretilemeyeceğini uzun uzun anlattı. ben de aslında onun gibi düşünüyorum. sars-cov-2'nin spike denen o tepedeki kısmı, virüsün hücreleri enfekte etmesinde çok etkili bir kısım ve bu kısmın nispeten çabuk mutasyona uğradığı düşünülebilir. bu yüzden belki de influenzada olduğu gibi her yıl farklı asılar geliştirildiğine şahit olabiliriz, ama mesela bir yellow-fever'da (sarıhumma) olduğu gibi nihai tek bir asıya sahip olmamız zor görünüyor.

mers'te virüse balı ölüm oranı yüzde 35'in üzerindeydi. sars'ta da yüzde 10 civarında (her 100 enfekte kişinin 10'u oluyor). sars-cov-2'de bu oran amerikan mikrobiyoloji topluluğunun (american society for microbiology) raporuna göre yüzde 2.5 - 3 civarında. yalnız mesela 2000'lerden beri sars'tan ölüm oranı henüz 1000 kişiyi bulmamışken, sars-cov-2 şimdiden 3000'e yakın kişinin ölmesine neden oldu. olaya şu açıdan da bakabilirsiniz: 2000'lerden beri sadece 8000 sars vakası yaşanmışken, 3 ay içerisinde tam 80.000'e yakın sars-cov-2 vakası yaşanmış vaziyette. ben kişisel olarak bu sayının artık çok dramatik bir hata yapılmadıkça çok artmayacağını düşünüyorum, umarım yanılmam. bu arada virüs çok yeni, en azından insanları enfekte etmesi hususunda, dolayısıyla hastalık geliştirip iyileşen ve virüse karşı bağışıklık geliştiren insanların sayısı da artacak ve önümüzdeki yıllar içerisinde virüsün sıra dışı bir mutasyon geçirmemesi durumunda önemini yitireceği de belirtilebilir.

virüse karşı ilaç geliştirilmesinde yeni moleküllerin arayışına girmek yerine halihazırda tanımlanmış, çalışılmış, onay almış vs. moleküller deneniyor

buna "repurposing" deniyor, yani farklı bir kullanım için tekrar ele almak gibi... bu moleküllerin bazıları direk virüsü, bazıları da virüsün enfekte ettiği hücreleri hedef alıyor. favıpıravir, ribavirin, griffithsin, chloroquine, galidesivir vs. bu ilaçların önemli bir kısmı hiv ve hcv (hepatitis c virüs) enfeksiyonlarında zaten uzun süredir denenen ve/veya kullanılan ilaçlar, ancak mesela diyabet tedavisinde kullanılan bir ilacın sars-cov-2 tedavisinde neden etkili olabileceğine dair enteresan şeyler anlattı arkadaşım. nitekim, başta çin olmak üzere şu anda deli gibi klinik çalışmalar başlatılmış vaziyette. özellikle çin klinik araştırmalar database'inde bu çalışmalara dair bilgi bulabilirsiniz, buraya bırakayım sizin için bir tane link.

bu da amerika sitesinden. yani şu an ilaç araştırmaları, klinik araştırmalar ne durumda vs. diye düşünen ve tasalanan insanlar için rahatlıkla söyleyebilirim ki dünyada çok önemli çalışmalar son hızla devam etmekte.

şu an için aklıma gelenler bunlar

sosyal medya ne yazık ki doğası gereği çok manipülatif ve bazı şeyleri göründüğünden daha korkunç hale getiriyor bazen. yine de her ne kadar otoriteler ellerinden geleni yapsa da çok ciddi bir krizle karşı karşıya olduğumuzu da belirtmek gerekiyor. british medical journal'da gördüğüm bir makalede italya ve kore'de görülen vakalardan sonra artık bu hastalığın bir epidemikten çok pandemik olarak değerlendirilmesi gerektiğine dair önemli savlar vardı. yabancı dili olanlar için şu iki makaleyi de buraya bırakayım:

https://www.bmj.com/content/368/bmj.m751
https://www.bmj.com/content/368/bmj.m627

Koronavirüs Fırsatçılığı: 21 Liralık Maskeyi 450 Liraya Satmak