Tıp ve Biyoloji Alanında Literatür Taraması Yapacak Kişiler İçin Tavsiyeler
makale, tez veya projelerde önceden gerçekleştirilen eylem. özellikle tıp ve life sciences alanlarındakiler için, pubmed kullanıcısı olarak, kişisel tecrübelerimden yola çıkarak söyleyebileceklerim:
- öncelikle hangi veritabanını kullandığınız ve bu veri tabanının diline ne kadar hakim olduğunuz önemli. yazının devamı daha çok medline (medical literatüre analysis and retrieval system on line) aracılığı ile pubmed nasıl sorgulanabilir sorusuna cevap şeklinde olacak.
her şeyden önce pubmed veritabanı nedir ve google'dan farkı nedir ona bakalım
veritabanındaki bilgide iki önemli özellik olması gerekiyor:
1) bulduğunuz bilginin geçerli bir kaynaktan gelmesi (validated ınformation).
2) sizin etkili bir sorgulama yapmanızı sağlamak için kaynakların indekse bağlanması.
- google da arama yapmakla veritabanında arama yapmanın farkı yukarıda sayılan özelliklerden ileri gelmekte. bir örnekle açıklamak gerekirse, google da endoplazmik retikulum kelimesini aratırsak, karşımıza ilk çıkan kaynak vikipedi oluyor. ancak aynı anahtar kelimeyle pubmed'de arama gerçekleştirdiğimizde, türkçe olan kelimeyi tanımadığını söylemekle beraber, ingilizce karşılığına otomatik olarak çevirerek bize ilk nature dergisinde yayınlanmış bir makaleyi kaynak olarak gösteriyor.
- pubmed'de mesh (medical subject headings) diye tabir edilen dili kullanarak arama yapılmaktadır. bu dilde aranacak her terimin bir tane karşılığı vardır. mesh'i nasıl kullanacağınıza dair ingilizce tutorial'a burdan ulasabilirsiniz.
iyi bir tarama yapabilmek için, öncelikle, mesh'in çalışma prensibine bir göz atmalıyız
pubmed'de bulunan tüm referanslar 16 ana kategoriye bölünmüştür. a grubu anatomik temalar, b grubu organizmalar vb tüm kategoriler için. her ana kategori, sayılarla ifade edilen alt kategorilere bölünmüştür. bu nedenle arama yaptığımızda karşımıza çıkan koda bakmak önemlidir. örnek vermek gerekirse, aids hakkında bir arama yaptığımızda, c ana kategorisinde olmalıyız. ardından infeksiyonlar için, c01'de immün sisteme olan etkileri için c20'deyiz. linkte bulunan "structure tree" sekmesine tıklayıp, burdan takip edebilirsiniz. baktığımızda: sexually transmitted diseases, viral [c01.778.640] için, c01 infeksiyon hastalıklarına, 778, cinsel yolla bulaşan hastalıklara, 640, işe cinsel yolla bulaşan viral hastalıklara işaret etmektedir, bu yapıyı anlamak, yapacağımız taramayı daraltmada yardımcı olabilecektir.
taramayı daraltmada ilk metotlar
"limits" sekmesini kullanarak, aramanızı, çeşitli konularda daraltabilirsiniz. diğeri fikrimce oldukça kolaylık sağlayabilen [majr] (büyük harfle) operatörü kullanımıdır. bu şekilde, sadece major sonuçları görüntüleyebilirsiniz. örnek: cancer kelimesini arayalım, [majr] kullanmadan önceki sonuçları ve kullandıktan sonraki sonuçları karşılaştıralım.
- "explosion" konsepti ve "explosion" engellemesi: pubmed 'de arama yapıldığında, pubmed arama terimine dahil olan bütün sonuçları, sonuç penceresine getirmektedir, diğer bir deyimle, tüm "structure tree"lerdeki, tüm dallara bağlı olan sonuçlar önünüze gelir. bunu engellemenin yolu ise [mh:noexp] operatörünü kullanmaktır. özet şekilde izlenecek yol, linkte anlatılmıştır.
- en sonuncusu ve en önemlisi, yaptığınız taramaları kaydetmektir. bu nedenle my ncbi'de, bir hesap edinmenizi ve aramalarınızı soldaki, "save search" butonuyla kaydetmenizi tavsiye ederim.