muhtemelen bütün papalık ailelerinin en kötü ün kazanmış olanı borgia ailesidir. borgia ailesi amaçlarına ulaşabilmek için entrikalar, gizli anlaşmalar, yozlaşma, rüşvet, ihanet ve cinayet gibi işlere bulaşmıştır. zehirleyerek cinayet işleyenler, suikastçılar ve ensest ilişki canavarları olarak ün kazanmışlardı. ancak, bunları yapmakla avrupa’daki kültürel rönesans’ı ateşlemişler ve papalık eyaletleri’ni yüzyıllar boyunca mutlak gücün hem siyasal hem de bölgesel varlıkları haline getirmişlerdi.

borgia soyundan gelen ilk papa, kısa yönetimi sırasında kendini alabildiğine gözden düşürmeyi, ama bu arada da yeğeni rodrigo’yu kardinalliğe ve vatikan’da önemli bir pozisyon olan genel sekreter yardımcılığına yükseltmei başaran 3. callistus’tur. sonraki 30 yıl boyunca, kardinal rodrigo borgia kilisedeki yerini sağlamlaştırmış, byük zenginlik sağlamış ve aralarında cesare ile lucrezia’nın da bulunduğu birçok gayri meşru çocuğa sahip olarak sefil bir hayat yaşamıştır. bir noktadan sonra, papa 2. pius dile düşen çılgın cümbüşler gibi ‘uygunsuz’ davranışları yüzünden onu azarlamak zorunda kalmıştır.

1492 yılında papa 8. innocent ölmüş ve rodrigo, biri yasal olarak seçimlere katılamayacak kadar yaşlı olan 17 kardinalin oyunu satın alarak rüşvetle papalık tahtına oturmuştur. başa geçince, 6. alexander gibi o da adam kayırmaya, yozlaşmaya ve papalık tarihinde görülmemiş bir zenginlik edinmeye koyulmuştur.

aslında, alexander’ın adam kayırması daha kardinal olduğu dönemlerde başlamıştı. papa 4. sixtus’u çocuklarının gayri meşruluğunu engelleyecek bir beyan yayınlaması için kandırmış ve ardından da çocukları için soylu ünvanlar ya da kilise görevleri sağlamaya koyulmuştu. örneğin, oğlu giovanni, gandia dükü olurken, cesare da yedi yaşından itibaren kazançlı kilise görevlerine getirilmişti. papa olduğunda, alexander 18 yaşındaki oğlu cesare’ı kardinalliğe yükseltti. başka akrabaları da kardinal oldular. 

alexander’ın planı papalık eyaletleri’ni genişletmek ve birleştirmek, ardından da oğlunun italya'da papalıktan bağımsız yeni bir kraliyet hanedanı kurmasına yardım etmekti. bu amaçla, o anda hangi tarafa ihtiyaç duyuyorsa onu kayırarak avrupa’nın iki büyük gücü olan fransa ve ispanya’yla değişik ittifaklar kurmuştu. ancak, güçlü olan italyan ailelerle çıkarına uygun evlilikler düzenlemek için, başta lucrezia olmak üzere, çocuklarını da kullanıyordu. lucrezia ilk önce milan’ı yöneten sforza ailesnin oğlu giovanni sforza ile evlenmiş, ama sforza’ların gücü azalınca alexander evliliğin feshi için bir plan yapmıştı. sforza ailesini, gereklerini yerine getiremediği ve evliliğinin kendi hatası yüzünden bittiğini kabul etmesi için oğullarını baskı yapmaları konusunda sıkıştırmaya başladı. alexander, evliliği usulüne uygun bir şekilde biten lucrezia’yı kendi için daha yararlı gördüğü başka bir ailenin oğluyla evlendirmekte serbestti. 

bununla birlikte bazı kaynaklara göre lucrezia genç bir hizmetkardan hamile kalmıştı. cesare ve babası konuyu kendi usulllerince ele aldılar. yozlaşmış bir vatikan mahkemesinde lucrezia’nın hala bakire olduğu ilan edildi ve hizmetkar hapse atılarak öldürüldü. bebek gizlice doğmuştu ama alexander meşruluğunu kabul ettirmek istiyordu (böylece onu da stratejik açıdan önemli bir araziyle ödüllendirebilecekti). bebeğin babasının ya cesare ya da kendisi olduğunu tescil eden çeşitli papalık bildirgeleri yayınladı. bu durumda da ensest ilişki söylentilerinin yayılması kaçınılmazdı. lucrezia’nın hem babasıyla hem de ağabeyiyle ilişkisi olduğu söylentileri bugün hala sürmektetir.

bu arada cesare’ın kariyeri de benzer bir çizgide ilerliyordu. babasının kendisi için yarattığı kilisedeki görevinden hoşnutsuz olduğu görülen cesare, politika ya da askerlik gibi daha dünyevi bir rol üstlenmek isteyerek işinden ayrıldı. 13 haziran 1498 tarihinde, cesare’ın ağabeyi olan gandia dükü, bir maskeli süvarinin eşlik ettiği bir gruba saldırdı. ertesi gün cesedi tiber nehri’nden çıkarıldı, boğazı kesilmişti. kuşkular, ağabeyinin alexander üzerindeki etkisini kıskandığı bilinen cesare’ın üstünde yoğunlaştı. ağabeyinin ölümüyle cesare artık yüksek makamından ayrılmakta, siyasal ve askeri yeni kariyerine başlamakta özgürdü.
başarılı olabilmesi için cesare’ın güçlü bir desteğe ihtiyacı olacaktı. bu yüzden alexander, karısını boşamak için papalığın onayını isteyen fransa kralı 12. louis ile bir anlaşma yaptı. alexander evliliğin iptal edildiğini belirten bir birdirge yayınladı, cesare papalık elçisi olarak bildirgeyi fransa’ya götürdü ve louis onu valentois dükü yaparak bir prensesle evlendirdi. fransızların desteğiyle, cesare artık sözde papalığın kontrolünde bulunan ama gerçekte bağımsız olan sorunlu romagna bölgesini işgal ve fethedebilirdi. cesare’ın seferlerine mali destek sağlamak üzere alexander, günahların affedildiğini gösteren belgeleri ve kilise mevkilerini satmak, düşmanların ya da rakiplerin arazilerine el koymak gibi küstahça yolsuzluklara girişti. 

lucrezia, bisceglie dükü olan napolili genç bir prensle evlenmişti, ama napoli’de sürekli dalgalanan güç dengeleri bu zavallı adamın da yararsızlaştığı anlamına geliyordu. muhtemelen alexander’ın emirlerine göre hareket eden cesare, bu prensi de öldürdü. ardından, hem fransızların hem de ispanyolların napoli üzerindeki tasarılarına destek veren alexander, borgia’ların yöresel rakibi olan iki güçlü aileyi kendisine bağımlı kılmak için, çıkan karışıklıktan yararlandı. bir süre sonra, roma ve vatikan’ın yani roma katolik kilisesi’nin denetimini 20 yaşındaki kızı lucrezia’nın ellerine bırakarak operasyonları kendisi yönetmek üzere napoli’ye gitti. kızı için hatrı sayılır bir çeyiz oluşturmak üzere yoz bir para toplama hareketine girişerek büyük ücretler karşılığında yeni kardinallik mevkileri sattı. elindeki bu parayla lucrezia’yı, önemli bir prenslik olan ferrara dükalığının varisi alfonso d’este ile evlendirebildi. insanları zehirleyerek öldüren ve erkekleri baştan çıkaran bir kadın olarak ün kazanmış olmasına rağmen, lucrezia, ferrara’da, duyarlı, güzel sanatların koruyucusu dindar ve sadık bir eş olarak hatırlanmaktadır.

fransa’ya karşı giriştiği hile ve entrikaları arttıran alexander, cesare’a orta italya’da tam bir serbestlik sağladı, ama borgia’lar kendi sınıfları içinde bir komplo tehdidi altındaydılar. 1502 yılında, durumdan hoşnut olmayan düşük ünvanlı bir soylu, romagna’nın görevden alınan eski yöneticileri olan orsini’lerle işbirliği yaparak cesare’ın ordusunu yenilgiye uğrattı. ama, hiç kimse hilekarlıkta cesare kadar usta olamazdı. o da düşmanlarını basit kalleşliklerle alt etti. komplonun elebaşlarını bir ateşkes görüşmesine davet ederek tutuklatıp idam ettirdi. alexander da rakibi kardinal orsini’yi yok etmek için zaman geçirmeden benzer bir oyun düzenleyerek onu görüşmeye davet etti., ardından da ölene kadar çıkmamak üzere hapse attırdı. sonraki aylar boyunca alexander birçok rakibinden ya da çok fazla şey bilen eski müttefiklerinden kurtulmak için zehir ve suikastçılardan yararlanarak mallarını kendi varlığına kattı.

borgialar güçlerinin zirvesine çıkmışlardı. yerel rakiplerinin çoğunu bastırdılar veya yok ettiler, italya'nın orta kesiminde geniş araziler ele geçirdiler, güçlü d'este ailesiyle ittifak kurdular ve inanılmaz derecede varlıklı hale geldiler. alexander’ın planları sayesinde cesare’a fransa tarafından sicilya ve ispanya tarafından toskana’da birçok yer vaadedildi. borgia ailesini kendi başına daha güçlü bir hanedanlık yapmak için yeni askeri fetihler planlıyordu. fakat 1503'te felaket vurdu. hem alexander hem de cesare, cardinal corneto'yla yemek yedikten sonra hastalanırlar. çoğu kaynak, zehirlendiğini iddia ediyor ve bazıları corneto'yu zehirlemek için özellikle yemeğe katıldıklarını söylüyor. pek duygusal olmayan tarihçiler ise sadece sıtmaya yakalandıklarını savunuyorlar. sebep ne olursa olsun, alexander öldü ve cesare hayatının bir bölümünde hasta ve zayıf olarak kaldı. babasının ölümünden sonraki papa seçimlerinde hakimiyetindeki bölgelere ve iktidarına sorun çıkartmayacak bir aday arayışına giren cesare’ın adayı papa iii. pius olur. pius papa olduktan kısa bir süre sonra hayatını kaybetti ve öldükten sonra julius, cesare’ı destekleme sözü verse de iktidara geldikten sonra en büyük düşmanı oldu ve papa ii. julius, cesare’ı tutuklamak için ispanyollarla anlaştı ama ellerinden kaçtı ve italyadaki mülklerini asla geri kazanamadı. 1507 yılında fransa kralı'nın hizmetinde savaşarak öldü. sonuçta, borgialar'ın acımasız düzeni, yolsuzluğu ve ikiyüzlülüğü hayal ettikleri hanedanı sağlamada başarısız oldu, ancak önemli bir miras bıraktı. cesare'in eski hâkimiyetleri papalık devletlerinin bir parçası haline geldi ve onlara yüzlerce yıldır süren napolyon savaşları gibi avrupa'daki çatışmalarda önemli bir rol oynayan gerçek bir iktidarın, siyasi ve bölgesel bir varlığı olarak güvence altına alındı. ayrıca cesare, niccolo machiavelli tarafından yazılan the prince adlı eserin de konusunu oluşturan en önemli ilham kaynağıdır.